Gnome

В файле /home/user/.local/share/applications/mimeapps.list хранятся сопоставления приложений с различными действиями.

Так, если при попытке открыть каталог запускается не Nautilus (файловый менеджер по умолчанию в графической среде Gnome), а другое приложение (например, Gnome-MPlayer), то нужно удалить ассоциацию:

inode/directory=gnome-mplayer.desktop;